Outro dos problemas máis comúns é o o dos distintos tipos de codificación de caracteres e é o que provoca que algúns subtítulos no se visionen correctamente no VLC. A solución é moito máis sinxela do que poida parecer: abrir o arquivo de subtítulos, cambiarlle o tipo de codificación a utf-8, gardar como e sobrescribir.
Gracias a http://www.ubuntu-es.org/index.php?q=node/26336 (e a Google)